Em 26 de dezembro de 1849, a antiga Maçonaria do Sul passa a Confederação Maçónica Portuguesa (CMP), tendo como grão mestre João Gualberto de Pina Cabral. Em 1851, as lojas ainda existentes da Maçonaria do Norte integram-se na CMP. Em 12 de junho de 1851, o conde de Antas, Francisco Xavier da Silva Pereira, foi eleito grão-mestre da Confederação Maçónica Portuguesa, sucedendo a João Gualberto Pina Cabral. Antas morre em 20 de maio de 1852, sucedendo-lhe Loulé, substituído interinamente por Rodrigues Sampaio (1852-1853). José Estevão grão-mestre da Confederação Maçónica Portuguesa em março de 1862. Loulé mostra-se indisponível para um novo mandato face à chefia do governo. Estevão, que toma posse em 9 de abril, vai falecer em 4 de novembro desse mesmo ano. No discurso de posse. considera que a maçonaria é uma religião e pretende mobilizar no seu seio as excelências do país para que possam vigiar-se as praias da civilização, reconhecendo que as perseguições acabaram, mas alertando contra a reação e os inimigos da verdadeira luz. Na Confederação Maçónica Portuguesa, Lobo de Ávila, ministro da fazenda, venceu a candidatura de Tiago Augusto Veloso da Horta. Seguem-se Abreu Viana (1863) e Mendes Leal (1863-1867). Em 1863-1865 destaca-se da Confederação Maçónica Portuguesa a Federação Maçónica Portuguesa, liderada por José Elias Garcia. Em julho de 1862, durante a Questão das Irmãs da Caridade, a Confederação Maçónica portuguesa, tenta colmatar a lacuna, lançando várias obras de assistência social. Em fevereiro de 1864, polémica na Confederação Maçónica Portuguesa, com Inocêncio Francisco da Silva ataca a liderança de Lobo de Ávila, defendendo o regresso de Loulé ao cargo de grão-mestre. No mês seguinte Loulé é eleito grão-mestre da Confederação Maçónica Portuguesa, em disputa com Lobo de Ávila. Mas o presidente do conselho não aceita o lugar. O cargo será ocupado interinamente por Joaquim de Abreu Viana até janeiro de 1866. Em maio, já Lobo de Ávila constitui a Confederação Maçónica Progressista de Portugal, uma cisão dentro da Confederação Maçónica Portuguesa. Acampanha-o, por breves tempos, Mendes Leal.